在少年三国志的后期阶段，阵容搭配的核心在于平衡防御、输出和辅助能力。游戏中的战斗分为五个阵位，前排需要高生命值和防御力的武将扛伤害，后排则需要高攻击力的武将打出爆发，中排辅助则负责治疗和增益。后期阵容通常围绕特定流派构建，比如防御回血阵、群攻控制阵或一波流阵，每种流派都有独特的优势和适用场景。
防御回血阵是后期比较稳健的选择，通常由两名防御型武将、两名治疗型武将和一名输出型武将组成。防御型武将可以选择关羽或张飞这类高生存能力的角色，治疗型武将推荐诸葛亮或小乔，他们的群体治疗技能能有效维持队伍续航。输出型武将则优先考虑郭嘉或曹操，他们的技能伤害高且带有控制效果。这种阵容适合持久战，尤其在面对高爆发敌人时能发挥稳定作用。
群攻控制阵更适合喜欢主动进攻的玩家，通常由一名群攻武将、两名控制型武将和两名输出型武将组成。群攻武将比如孙策或黄月英能对敌方全体造成伤害，控制型武将如司马懿或张角可以限制敌人行动，为输出创造机会。这种阵容的优势在于快速压制对手，但需要注意控制技能的释放时机，避免被敌人反打。一波流阵则是极端爆发型搭配，依靠张辽、貂蝉等高爆发武将快速秒杀敌人，适合速战速决的战斗场景。
后期阵容还需要考虑武将之间的缘分和阵营加成。同一阵营的武将上阵能激活额外属性加成，比如蜀国的五虎将组合就非常强势。武将之间的缘分关系也能提供额外增益，尽量选择能激活多个缘分的武将组合。资源有限的情况下，优先培养核心输出和关键辅助武将，确保他们在战斗中能发挥最大作用。
竞技场需要均衡的攻防能力，副本则可能针对特定机制选择武将。多尝试不同搭配，找到最适合自己的流派，后期阵容的潜力才能真正发挥出来。
