解锁千门虚舟秘境的首要条件是完成前置任务神樱大祓的荒海部分，这是开启后续解谜的关键步骤。在荒海区域的大树旁，玩家需要找到并激活雷立方机关，通过调整五个雷立方的花瓣面朝向同一方向来解开初始谜题。完成这一步后，水位会部分下降，需继续前进找到第二个雷立方机关，进一步降低水位直至完全退去。水位退去后，通往地下区域的路径才会显现，这是解锁千门虚舟的基础条件。
解开水位机关后，玩家需要沿着新出现的路径前进，途中会遇到多个解谜环节。其中最关键的是两个一笔画机关，需要按照特定顺序踩亮地板才能激活。第一个一笔画机关需从外圈开始，按顺时针方向依次踩亮所有地板；第二个机关则需要先踩亮边缘地板，再处理内圈部分。这两个机关的解法看似简单，但若踩错顺序会导致机关重置，因此需谨慎操作。完成这两个机关后，千门虚舟秘境的大门才会正式出现。
在探索过程中，玩家还需注意收集场景中的关键道具，如古老的石板和雷神瞳。这些道具不仅与后续任务相关，也能提升角色属性。特别是在水位完全退去后的区域，破船残骸附近藏有重要道具，容易被忽略。部分区域存在空气墙阻挡，需通过特定机关解除，例如恒常机关阵列附近的空气墙，必须完成神樱大祓任务才能消除。这些细节往往会影响整体探索进度。
最后千门虚舟秘境的解谜过程对角色配置有一定要求。建议携带至少一名雷元素角色用于激活机关，同时准备一名治疗角色应对可能出现的战斗。秘境内的敌人强度不高，但连续解谜会消耗较多时间，因此合理分配体力很重要。若在解谜过程中遇到困难，可尝试退出游戏重新加载，部分机关会恢复初始状态，这有助于重新规划解谜路线。
